1936 年西班牙内战的爆发，让马洛卡的足球发展陷入停滞。全国性赛事悉数中断，仅存的地区联赛成为球队维持运转的唯一纽带。尽管赛场规模大幅缩水，但马洛卡始终未放弃足球活动，球员们在简陋的条件下坚持训练与比赛，让足球的火种在战火中得以延续。1939 年内战结束后，西班牙足坛迎来重组，马洛卡在 1939/40 赛季被划入西乙第三组，然而缺乏系统备战的球队实力不济，首个赛季便降入丙级，遭遇了建队以来的首次重大挫折。
逆境之中，马洛卡展现出顽强的韧性。1943/44 赛季，球队以丙级联赛第四组冠军的身份，首次升入西乙，实现了战后的首次崛起。1945 年 9 月 22 日，马洛卡迎来历史性时刻 —— 新主场埃斯福尔蒂球场（Es Fortí）正式落成，这座可容纳 16000 名观众的球场，成为球队迈向职业足坛的重要标志。次日，马洛卡在新球场迎战赫雷斯，3-0 的胜利让前锋桑斯打入了球场首球，传奇门将拉马莱斯的精彩表现更是让球迷记忆犹新。埃斯福尔蒂球场的启用，不仅为马洛卡提供了专业的比赛场地，更成为凝聚本土球迷情感的精神地标。
1947 年，在华金・福斯特・德普伊格多尔菲拉主席的推动下，俱乐部重新获得 “皇家” 头衔，正式定名为皇家马洛卡体育俱乐部（RCD Mallorca），恢复历史荣誉的同时，也象征着球队的重建迈入新阶段。然而 1950 年代，马洛卡陷入了经济与竞技的双重困境。俱乐部管理层频繁更迭，财政问题日益凸显，竞技层面也从西乙滑落至丙级。1955 年，为纪念曾三任俱乐部主席的路易斯・西贾尔，埃斯福尔蒂球场更名为路易斯・西贾尔球场，这一更名既是对俱乐部功勋的致敬，也寄托着球迷对球队重回巅峰的期盼。
1956 年 7 月，豪梅・罗塞洛・帕斯夸尔出任俱乐部主席，成为马洛卡命运的转折点。彼时球队身处丙级，财政状况岌岌可危，但罗塞洛立下 “将马洛卡带入西甲” 的誓言。他大刀阔斧进行改革，先是在 1957/58 赛季结束后清洗了大部分球员，仅保留琼・福尔蒂萨和马金・米尔两名本土球员，随后签下阿根廷教练胡安・卡洛斯・洛伦佐。洛伦佐带来了全新的战术理念，打造出一支年轻化的全新阵容，为马洛卡的 “两级跳” 埋下伏笔。1959/60 赛季，马洛卡先是从丙级升入西乙，随后又在西乙升级附加赛中脱颖而出，44 年后终于叩开西甲大门，这群创造历史的球员被球迷尊称为 “巴列霍英雄”，而马略卡本土球员胡利亚・米尔在升级战中打入的首球，也成为海岛足球最珍贵的记忆。
