1990/91 赛季，马洛卡在塞拉・费雷尔的带领下迎来队史首个高光时刻 —— 闯入国王杯决赛。从首轮击败托雷拉韦加体操，到半决赛力克希洪竞技，马洛卡一路淘汰瓦伦西亚、埃尔切等劲旅，首次站在西班牙杯赛的最高舞台。1991 年 6 月 29 日，马德里伯纳乌球场，马洛卡与马德里竞技展开决战，120 分钟的鏖战双方互交白卷，加时赛中马竞的制胜球让马洛卡与冠军失之交臂，但这场决赛让 “海岛黑马” 的名号响彻西班牙足坛。本赛季，年轻的帕科・“奇奇”・索勒完成一线队首秀，这位本土中场此后为马洛卡效力 13 个赛季，成为队史传奇。
1992 年是马洛卡的转型之年，孔斯蒂西辞去主席职务，俱乐部改制为体育股份有限公司（SAD），米格尔・达尔毛接任主席后试图扭转经济困境，却未能阻止球队在 1991/92 赛季降入西乙。1995 年，企业家安东尼奥・阿森西奥收购马洛卡，巴托洛梅・贝尔特兰出任主席，这位医生出身的管理者为俱乐部带来了专业的运营理念，马洛卡迎来资金与管理的双重升级。1997 年 6 月，马洛卡在巴列卡斯球场击败对手，时隔五年重返西甲，开启了长达 16 年的顶级联赛征程，这也是队史最长的西甲连续征战纪录。
1997/98 赛季，阿根廷名帅赫克托・库珀的到来让马洛卡完成质变。库珀打造的防守反击体系极具威力，卡洛斯・罗阿、维森特・恩贡加等球员组成的阵容攻守兼备，球队不仅位列西甲第五，更再度杀入国王杯决赛。决赛对阵巴塞罗那，马洛卡在加时赛中只剩 9 人作战的情况下顽强逼平对手，虽在点球大战中失利，却赢得了全西班牙的尊重。1998 年 8 月，马洛卡迎来队史首个正式冠军 —— 西班牙超级杯，他们在两回合比赛中以总比分 3-1 击败巴塞罗那，丹尼・加西亚的两粒进球成为夺冠关键，这座冠军奖杯让马洛卡首次登上西班牙足坛的冠军领奖台。
1998/99 赛季，马洛卡延续强势，西甲位列第三，创下队史联赛最佳排名，同时以国王杯亚军身份征战欧洲优胜者杯。球队一路淘汰布拉格斯巴达、拉齐奥等劲旅，杀入决赛对阵意甲豪门拉齐奥，尽管 1-2 失利，却成为首支闯入欧战决赛的巴利阿里群岛球队。1999 年 8 月，马洛卡启用新主场索尼莫伊克斯球场，揭幕战对阵皇马的比赛中，卡洛斯・多明格斯打入球场首球，这座现代化球场成为球队的新象征。1999/00 赛季，马洛卡首次征战欧冠资格赛，虽负于挪威莫尔德队，却在欧联杯中连克阿贾克斯、摩纳哥，展现了欧战竞争力。
2000/01 赛季，路易斯・阿拉贡内斯执教马洛卡，球队打出队史最辉煌的西甲赛季：71 分位列第三，打入 61 球、仅输 7 场的纪录至今未被打破。租借加盟的塞内加尔前锋塞缪尔・埃托奥在此爆发，这位年轻射手此后成为马洛卡队史西甲最佳射手。2001/02 赛季，马洛卡首次跻身欧冠小组赛，在索尼莫伊克斯球场 1-0 击败阿森纳，恩贡加的点球成为球队欧冠历史首球。2002/03 赛季，格雷戈里奥・曼萨诺接任主帅，率队第三次闯入国王杯决赛，面对韦尔瓦社会，潘迪亚尼与埃托奥的进球帮助球队 3-0 取胜，捧起队史首座国王杯冠军，这也是马洛卡至今唯一的西班牙杯赛冠军。
