2003 年国王杯夺冠后，马洛卡迎来短暂的巅峰期，却也陷入了 “球星流失与战绩波动” 的循环。赛季结束后主帅曼萨诺离队，哈梅・帕切科接任后率队征战西班牙超级杯，虽在主场 2-1 击败皇马，却在客场 0-3 失利错失冠军。传奇中场 “奇奇”・索勒因膝伤宣布退役，这位为马洛卡效力 13 年的本土球星的离开，让球队失去了精神领袖。2003/04 赛季，马洛卡在西甲艰难保级，欧联杯赛场也止步十六强，阿拉贡内斯的二次救火才让球队勉强留在西甲。
2004/05 赛季成为马洛卡的 “保级奇迹年”，阿拉贡内斯离任后，贝尼托・弗洛罗与库珀先后执教，球队在联赛仅剩七轮时仍落后保级区 10 分。库珀临危受命后率队打出一波 5 胜的强势表现，拿下 15 个积分，而原本看似保级无忧的莱万特仅获 2 分，马洛卡以 39 分惊险保级，这场绝地求生成为队史经典。2007/08 赛季，前锋丹尼・吉萨以 27 粒进球成为西甲金靴，这位本土射手不仅是马洛卡队史唯一的西甲最佳射手，也是至今最后一位获此殊荣的西班牙球员，他的爆发让马洛卡位列西甲第七，险些闯入欧战。
2009/10 赛季，马洛卡取得西甲第五的佳绩，却因欧足联的牌照问题无缘欧联杯，这一打击让球队士气受挫。2012/13 赛季，马洛卡结束了长达 16 年的西甲征程，降入西乙后又在 2016/17 赛季滑落至西乙 B，跌入队史谷底。2016 年，恰逢俱乐部百年诞辰，罗伯特・萨尔沃、安迪・科尔伯格与史蒂夫・纳什组成的投资团队收购马洛卡，为球队注入新的资金与管理理念；2017 年科尔伯格出任主席，开启了马洛卡的重建之路。
2017/18 赛季，维森特・莫雷诺成为主帅，这位少帅重用阿卜东・普拉茨等本土青训球员，率队完成 “两级跳”：先从西乙 B 升入西乙，2018/19 赛季又在升级附加赛中上演奇迹 —— 首回合 0-2 负于拉科鲁尼亚的情况下，次回合凭借普拉茨的绝杀完成逆转，时隔六年重返西甲。尽管 2019/20 赛季因疫情影响再度降级，但路易斯・加西亚・普拉萨执教的 2020/21 赛季，马洛卡以西乙第二的身份直接升级，重新站稳西甲脚跟。
2021 年 8 月，马洛卡正式结束 2010 年开启的债权人程序，彻底摆脱经济危机的阴霾。2021/22 赛季，哈维尔・阿吉雷的救火让球队再度惊险保级；2022/23 赛季马洛卡位列西甲第九，展现出稳定的竞争力。2023/24 赛季是马洛卡的里程碑之年，经过全面翻新的索尼莫伊克斯球场正式启用，移除田径跑道的设计让球迷与赛场的距离更近；球队同时闯入队史第四次国王杯决赛，20000 余名马洛卡球迷远赴塞维利亚观战，尽管在点球大战中负于毕尔巴鄂竞技，却让 “海岛精神” 感动了西班牙足坛。
2024/25 赛季，雅戈巴・阿拉萨特接任主帅，马洛卡在赛季末提前保级，实现连续五个赛季征战西甲的成就，这是队史第二长的西甲连续征战纪录。赛季中球队还首次跻身西班牙超级杯，虽在半决赛负于皇马，却让马洛卡的竞技水平再上台阶。从百年诞辰的低谷到重返西甲强队行列，马洛卡用十余年的坚守完成了新生，这座海岛球队的故事，仍在西班牙足坛继续书写着属于自己的传奇。
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