1960 年 9 月 11 日，马洛卡在塞维利亚迎战皇家贝蒂斯，完成队史西甲首秀。尽管 0-2 失利，但胡利亚・米尔作为首位代表马洛卡征战西甲的马略卡本土球员，已然载入俱乐部史册。一周后，路易斯・西贾尔球场迎来西甲首战，马洛卡 2-1 击败桑坦德竞技，琼・福尔蒂萨接米尔传中打入队史西甲首球，现场爆满的球迷见证了海岛足球的高光时刻。1960/61 赛季，马洛卡最终位列西甲第九，作为升班马交出了远超预期的答卷，让外界看到了这支海岛球队的潜力。
然而财政问题很快成为马洛卡前进的绊脚石。升入西甲后，俱乐部的经济状况并未得到根本改善，主席罗塞洛与管理层因资金压力相继离任，球队陷入频繁的教练与球员更迭。战术体系的不稳定让马洛卡难以维持竞争力，1963 年，球队在西甲征战三年后降入西乙。短暂的沉沦并未磨灭马洛卡的斗志，1964/65 赛季球队迅速重返西甲，但 1965/66 赛季又因更衣室动荡与教练频繁更换再次降级，琼・福尔蒂萨转会莱达的离开，更是让球队失去了精神支柱。1968/69 赛季，马洛卡第三次升入西甲，却依旧未能站稳脚跟，一年后再度降级，这次沉沦不仅让球队远离西甲，更引发了俱乐部的管理层危机，马洛卡陷入了长达十余年的低谷。
1970 年代成为马洛卡队史最动荡的十年。经济债务如滚雪球般累积，管理层内斗不断，教练席位如同 “走马灯” 般更迭，球队的升级目标屡屡落空。1975 年，马洛卡降至丙级联赛，这是俱乐部建队以来的最低谷。1977/78 赛季，马洛卡遭遇了更耻辱的时刻 —— 由于俱乐部拖欠薪水，球员们发起了西班牙足坛史上首次 “训练基地封锁” 事件，球队因经济危机濒临解散，赛季结束后再度降入丙级，成为西班牙足坛的反面教材。
就在马洛卡濒临崩溃之际，米格尔・孔斯蒂西于 1978 年 8 月出任俱乐部主席，这位本土企业家的到来成为球队的 “救命稻草”。孔斯蒂西迅速梳理债务，稳定更衣室情绪，并聘请安东尼奥・奥维耶多・萨尔达尼亚担任教练。1979/80 赛季，马洛卡在奥维耶多的带领下升入西乙 B，次年又成功晋级西乙，两年完成两级跳，重返西班牙职业足球的第二梯队。孔斯蒂西的务实运营让俱乐部经济状况逐步好转，路易斯・西贾尔球场的上座率回升，球迷们重新看到了希望。1970 年代的马洛卡，在沉沦与挣扎中完成了浴火重生，也让 “永不放弃” 成为刻入俱乐部骨髓的精神。
